Hogeschool PXL
Elfde-Liniestraat 24 - 3500 Hasselt
www.pxl.be
info@pxl.be
13CGT4120 Bio-informatica12753/1375/1920/1/82
Studiegids

13CGT4120 Bio-informatica

12753/1375/1920/1/82
Academiejaar 2019-20
Komt voor in:
  • Professionele bachelor in de agro- en biotechnologie, trajectschijf 3
    Keuzeoptie van afstudeerrichting:
    • Cel- en gentechnologie binnen biotechnologie
Dit is een enkelvoudig opleidingsonderdeel.
Studieomvang: 3 studiepunten
Dit opleidingsonderdeel wordt gequoteerd op 20 (tot op een geheel getal).
Tweede examenkans: wel mogelijk.
Delibereerbaarheid: Dit opleidingsonderdeel is delibereerbaar onder de voorwaarden van de opleiding waarvoor je bent ingeschreven.
Dit opleidingsonderdeel
  • mag enkel vervangen worden door een IDENTIEK opleidingsonderdeel aan een andere (buitenlandse) instelling.
  • maakt geen gebruik van een jury.
Aard: Theoretisch
Men kan dit opleidingsonderdeel niet volgen binnen een
  • examencontract (met het oog op het behalen van een creditbewijs).
  • examencontract (met het oog op het behalen van een diploma).
Men kan dit opleidingsonderdeel enkel mits aparte toelating volgen binnen een creditcontract.
Docenten: Eeckelaerts Suzy, Wirix Evelyne
Onderwijstalen: Nederlands
Kalender: Semester 1

Studiemateriaal niet in de bookshop te koop: Verplicht

Deel bio-informatica:

- Opdrachten, presentaties en aanvullend lesmateriaal worden ter beschikking gesteld via blackboard.
- Er wordt gebruik gemaakt van e-databanken en programma's, laptop is nodig in de les.

Deel ethiek:

lesmateriaal wordt via blackboard ter beschikking gesteld

Bookshop studiematerialen ( de vermelde prijzen zijn indicatief, prijzen cursusteksten beschikbaar op Blackboard)

Handboek
Biology - A Global ApproachVerplicht€ 97,47
  • Auteur: Campbell, Reece , Urry , Wasserman
  • Uitgever: Pearson
  • Editie: 11 de
  • ISBN-nr: 978-17-844-9789-7
  • Medium: Papier
  • Te koop via de verkoopdienst
Introduction to biotechnologyVerplicht€ 64,61
  • Auteur: William J. Thieman, Michael A. Palladino
  • Uitgever: Pearson
  • ISBN-nr: 978-12-920-2761-6
  • Medium: Papier
  • Te koop via de verkoopdienst

Contacturen

Hoorcollege18,50 uren
Practicum12,00 uren
Zelfstudie4,00 uren

Begincompetenties

Deel bio-informatica:

- De student kan de processen van replicatie, transcriptie, translatie en genregulatie bij prokaryoten en eukaryoten volledig uitleggen;
- De student kan gericht informatie opzoeken en verwerken in een literatuurstudie;
- De student kan doel en principe van de courante DNA-technologieën uitleggen, en relateren aan hun toepassingen: berekening en bereiding van buffers en reactiemixen, gebruik van DNA-modificerende enzymen, DNA-isolatie, scheiding, detectie en kwantificering van DNA (elektroforese, fluorimetrie en UV-spectrometrie), PCR-gebaseerde technieken, RFLP, sequentieanalyse, klonering, southern blotting, en aanverwante technieken en toepassingen.

Eindcompetenties

Technisch uitvoerder ALG,BG,BS
OmschrijvingCategorie
De beginnende professional kan complexe theoretische processen uitleggen en een complex(e) analyse/experiment binnen het domein van de moderne biotechnologie volgens de geldende richtlijnen uitvoeren en kan de bekomen resultaten verklaren vanuit de theorie. ALG,BG,BS
Onderzoeksmedewerker ALG,BG,BS
OmschrijvingCategorie
De beginnende professional kan uitgebreide complexe data verzamelen en deze data analyseren met behulp van elementaire statische technieken en informatiesystemen, deze interpreteren en hieruit een conclusie trekken. ALG,BG,BS
Beroepsontwikkelaar ALG,BG,BS
OmschrijvingCategorie
De beginnende professional kan de actuele gebeurtenissen, ontwikkelingen en maatschappelijke trends wereldwijd volgen vanuit een attitude voor levenslang leren binnen een duurzame context. ALG,BG,BS
De beginnende professional kan interculturele en internationale kennis verwerven, zowel algemeen, taalkundig, als in het vakdomein, en dit toepassen in interculturele en internationale contexten. ALG,BG,BS

Doelstellingen

Deel bio-informatica:

De student kan de principes van moleculaire biologie uitleggen en deze linken aan de principes van erfelijkheid en evolutie.
De student kan in een gegeven situatie de juiste moleculaire techniek kiezen, begrijpen en toepassen.
De student kan in een gegeven situatie gespecialiseerde moleculaire technieken kiezen, begrijpen en toepassen (bv. speciale PCR-technieken, speciale elektroforesetechnieken, DNA-profiling, real-time technieken, RNA-extractie, expressieklonering, eiwitextractie, micro-array, genexpressiestudies).
De student kan interculturele en internationale kenniselementen binnen het vakdomein en vakjargon opzoeken.
De student kan interculturele en internationale kenniselementen binnen het vakdomein en vakjargon toepassen.
De student kan gegevens uit moleculaire databanken analyseren en hieruit een conclusie trekken.
De student kan zelfstandig moleculaire data analyseren m.b.v. bio-informaticatools.

Deel ethiek:

De student past concepten zoals ecologisch burgerschap en ethische perspectieven toe en kan een gefundeerd, ethisch en maatschappelijk verantwoord standpunt innemen.

Leerinhouden

Deel bio-informatica:

introductie bio-informatica: oorsprong, soorten databanken, input in databanken, waarvoor databanken gebruiken?
databases & databasesearch: uniprot, NCBI, EMBL + Interpretatie van output
sequence alignment: BLAST + interpretatie van output
PCR: ontwikkeling, optimalisatie en praktische aandachtspunten, parameters en types PCR: touchdown, gradiënt, matrixanalyse,…
primerdesign (PrimerBLAST, Primer3), primercontrole & in silico PCR
multiple sequence aligment, tools: BLAST, clustal, MUSCLE, backtranslation, degenerate primer design
mutation databases: OMIM, HGMD, dbSNP
DNA-mutaties en diagnostiek: oorzaken en types mutaties, moleculaire detectie (ARMS-test, LCR, SSCP, DGGE, heteroduplexanalyse + real time implicaties), standard & reverse hybridisation assays (micro-array, line probe assay, PCR-ELISA )
chromosomale mutaties en diagnostiek: cytogenetica (chromosomale afwijkingen, preparatie metafasespread, karyogram, karyotypering, chromosomal banding, ISH, FISH, comparative genomic hybridization) + timing diagnose (postnataal, prenataal, pre-implantatie genetische diagnostiek, ICSI) en implicaties
cases: van symptoom tot diagnose en behandeling: cystic fibrosis, fenylketonurie, chorea van Huntington, Tay-Sachs

Deel ethiek:

Na een algemene inleiding rond ethiek maakt de student door middel van lezingen kennis met enkele ethische thema's die voor een biotechnoloog relevant zijn. De thema's van de lezingen worden afgestemd op actuele topics waarbij de drie specialisaties voor elke student aan bod komen. Door middel van debatmomenten leert de student een gefundeerd standpunt innemen en beargumenteren, steeds met het oog op duurzaamheid.




Begeleiding

Deel bio-informatica:

- monitoraat
- feedback bij leervorderingen

Evaluatie

Evaluatie(s) voor de eerste examenkans
MomentVorm%Opmerking
januarischriftelijk gesloten boek examen33,40deel bio-informatica: leerinhouden
januarischriftelijk gesloten boek laptop (met internettoegang)50,00deel bio-informatica: toepassingen
januarimondeling gesloten boek examen16,60deel ethiek (met schriftelijke voorbereiding)
Evaluatie(s) voor de tweede examenkans
MomentVorm%Opmerking
aug/septmondeling gesloten boek examen16,60deel ethiek (met schriftelijke voorbereiding)
aug/septschriftelijk gesloten boek laptop (met internettoegang)50,00deel bio-informatica: toepassingen
aug/septschriftelijk gesloten boek examen33,40deel bio-informatica: leerinhouden

Evaluatie: voorwaarden

De student dient aanwezig te zijn tijdens de contactmomenten die in functie van de permanente evaluatie buiten de examenperiode staan en tijdens de contactmomenten van het onderdeel ethiek.

Deadlines en richtlijnen voor het inleveren van documenten worden gecommuniceerd via Blackboard. Tenzij anders vermeld door de lector, wordt elk in te leveren document door de student individueel voorbereid en ingeleverd. 

De student moet deelnemen aan alle examenactiviteiten van dit opleidingsonderdeel

Evaluatie: gevolgen

Bij gewettigde afwezigheid (cfr. OER) kan -indien haalbaar- het contactmoment worden ingehaald door de student. Indien niet haalbaar wordt de permanente evaluatie enkel gebaseerd op de andere geëvalueerde momenten, of kan de lector een vervangende opdracht geven. Ongewettigde afwezigheid resulteert in een 0 voor zowel het evaluatiemoment als voor het eventuele daarbij horende verslag.

Documenten die na de deadline of via andere dan de opgelegde kanalen worden ingeleverd of die de opgelegde richtlijnen niet respecteren, worden niet beoordeeld. De student behaalt dan 0 voor de betreffende opdracht of het evaluatieonderdeel. Studenten die plagiaat plegen of exacte kopieën van een document indienen, behalen 0 voor de betreffende opdracht.

Indien de student niet heeft deelgenomen aan alle examenactiviteiten, kan hij niet slagen voor dit opleidingsonderdeel. Hij/zij ontvangt een OD op zijn rapport.

Onderwijsvormen

  • O- Opdrachtgestuurd onderwijs
  • O- Blended learning
  • O- Vakdisciplinair onderwijs
  • W- (Activerend) Hoorcollege
  • W- Interactie-/responsiecollege
  • W- Werkcollege
  • W- Discussie
  • W- Gastcollege

Volgtijdelijkheid

geslaagd of gedelibereerd voor 12BTL3020 DNA-technologie.